Завдання колекції полягає у збереженні та підтримці життєздатності мікроорганізмів колекційного фонду з використанням різних методів, у першу чергу, методів тривалої консервації, а також у поповненні фонду новими біотехнологічно перспективними штамами мікроорганізмів, що є основою біологічних препаратів різного призначення.